L’origen del molí fariner de Cervià es remunta a època sarraïna, molt lligat a la creació de la sèquia de Fontanet, també de factura andalusina. Aquestes dues obres es poden vincular a la gran expansió urbana que es produí a Lleida durant el segle X. Posteriorment, i després de la reconquesta cristiana de la ciutat al 1149, es produeix un procés de repartiment territorial i repoblació de les noves terres conquerides. És en aquest moment quan el molí va ser donat a un repoblador procedent de la vila garriguenca de Cervià: Ramon de Cervià. Aquest, va ser durant el 1197 conseller del consolat, primer intent d’organització municipal a Lleida mitjançant un privilegi donat aquell mateix any per Pere el Catòlic. El conseller apareix en els documents com un gran terratinent de la zona esquerra del riu Segre, i el seu fill Berenguer de Cervià va ser prohom de Lleida segons una escriptura de 1213.
Extingit el llinatge dels Cervià en el segle XIV, el molí passa a ser propietat de l’administració del Comú juntament amb la sèquia de Fontanet, i a partir d’aquesta data el Consell de la Paeria els cedeix en arrendament. Fou llavors, a mesura que es van construir nous edificis, que es converteix en un petit complex industrial format pel molí de dalt i el molí de baix. El primer tenia diverses aplicacions, mentre que el segon continuava la seva tasca farinera. Tot aquest complex va funcionar durant molts anys, la sèquia de Fontanet n’accionava les moles produint riquesa al mateix temps que regava la seva esplèndida horta. L’any 1470 el municipi decideix restaurar els molins de per poder-los llogar en bones condicions.
Més tard i passada la guerra dels Segadors, cap a l’any 1665, el molí fariner va ser refet després d’haver sofert grans desperfectes a causa del conflicte. El Consell General de 1667 segueix am la política de disposar convenientment d’aquesta infraestructura municipal, i l’any 1697 s’hi fan les obres d’ampliació que arriben als nostres dies, a les quals es vincula l’escultura que es troba a sobre de la porta frontal de l’edifici on es veu l’escultura renaixentista de l’escut de Lleida i la de la figura de Sant Anastasi, patró de la ciutat. Actualment s’ha conservat el molí fariner “de baix”, de propietat municipal, el qual va funcionar fins al primer terç del segle XX, mentre que del molí “de dalt”, de propietat privada, només en queda l’estructura bàsica en un estat totalment ruïnós.
Plànol de 1830 del setge de l'armada francesa a Lleida on es poden veure els dos molins.
